Die klinische Proteomik hat in der Vergangenheit vorrangig darauf abgezielt, neue Biomarker in Körperflüssigkeiten, Zellen und Geweben zu identifizieren, charakterisieren und in klinischen Studien zu validieren. Dieser Bereich hat durch die Etablierung neuer quantitativer hochempfindlicher Analyseverfahren und durch Verbesserung präanalytischer und massenspektrometrischer Techniken neue Impulse bekommen. Die Entwicklung affinitätsbasierter Verfahren, allem voran Proteinarrays sowie verbesserte Verfahren zur Zell und Organellseparierung  haben eine Qualiltät erreicht, die ihren Einsatz in der klinischen Routinediagnostik in greifbare Nähe bringt. Zur Zeit ist jedoch die Aufklärung von Pathomechanismsen mit Hilfe proteomischer Methoden der erfolgreichste Zweig der medizinisch ausgerichteten Proteomik. 

Da die unterschiedlichen Körperflüssigkeiten und Blutzellen in direktem Kontakt zu den meisten Organen stehen, beinhaltet das Proteom der Körperflüssigkeiten und Zellen Informationen über Proteomveränderungen fast aller Organe. Hinderlich ist hier der hohe Verdünnungsfaktor im Gesamtsystem, der die Detektion lokaler pathologischer Veränderungen, z. B. lokal auftretender Entzündungen, maligner Raumforderungen oder spezifischer Erregertypen für massenspektrometrische Analyseverfahren aus Blut oder Urin schwer detektierbar macht. Affinitätsbasierte Verfahren, allem voran Immuno-assays sind bereits etablierte Routineanalytik in der klinischen Chemie. Klinisch etabliert ist auch die Analyse von Blutzellen über Multiparameter-Durchflusszytometrie in Verbindung mit Antikörpern.

Nicht immer sind diese jedoch geeignet, spezifisch und selektiv zu detektieren.

Das Proteom unterschiedlicher pathogenetisch relevanter Körperzellen aber auch die Determinanten klinisch relevanter Mikroorganismen liefern wesentliche Informationen zu immunologischen und zellspezifischen pathologischen Prozessen. 

Wesentlich für die Anwendung der Hochdurchsatzmethodik in der klinischen Forschung und der klinischen Routine ist die Standardisierung und die Qualitätskontrolle aller Prozessabläufe. Die präanalytische Phase inklusive der Patientenvorbereitung sind hier kritisch, aber auch die Analytik selbst und die computergestützte Datenauswertung müssen für die Routineanwendung in der Klinik hochstandardisiert, akreditiert und zertifiziert werden, um in der klinischen Diagnostik zugelassen zu werden. 

Die Ziele des AK „Klinische Proteomik" liegen in der Etablierung von Verfahren, die geeignet sind, pathologische Prozesse und klinisch relevante Parameter aus  Körperflüssigkeiten, Blut- und Organzellen für die klinische Routinediagnostik zu etablieren. Dieses beinhaltet die proteomische Analyse und Beschreibung pathologischer  Prozesse und Veränderungen (Discovery Proteomics, Interactomics, Pathwayanalyse, MALDI-Imagin), die Identifikation und Charakterisierung neuer proteomischer Biomarker bzw. Biomarkersignaturen, die Standardisierung der Materialsammlung (Biobanken), Aufarbeitung (Präanalytik), Analytik und Datenverarbeitung.

Kontakt:
Marius Ueffing, Universitätsklinikum Tübingen; marius.ueffing@uni-tuebingen.de 
Gerd Schmitz (Akreditierung, Standardisierung),: gerd.schmitz@klinik.uni-regensburg.de