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Bioinformatik der Proteomik

Der Arbeitskreis „Bioinformatik der Proteomik“ wurde im Juli 2014 ins Leben gerufen. In ihm können sich einerseits DGPF-Mitglieder vernetzen, die Expertise im Bereich „Bioinformatik der Proteomik“ haben oder gewinnen wollen und andererseits solche, die diese Expertise in Form von Software-Tools, Datenressourcen oder gemeinsamen Anträgen nutzen wollen.

Ansprechpartner:
PD Dr. Martin Eisenacher ( Diese E-Mail-Adresse ist vor Spambots geschützt! Zur Anzeige muss JavaScript eingeschaltet sein! )
Forschungsbereich Medizinische Bioinformatik am Medizinischen Proteom-Center
Ruhr-Universität Bochum, Universitätsstr. 150, 44801 Bochum
Tel.: 0234 / 32-29288, Fax: 0234 / 32-14554

Themen des Arbeitskreises

Die Themen des „Bioinformatik der Proteomik“-Arbeitskreises beinhalten Aspekte aus diversen Schritten der Proteomik-/Massenspektrometrie-Workflows, wie zum Beispiel: Datengenerierung, Datenspeicherung, Daten-Backup- und Archivierung, Sammeln von Daten, Analyse von MS-Daten (Identifizierung, Quantifizierung, PTM-Bestimmung und PTM-Quantifizierung usw.), Datenaufbereitung, Statistische Analyse, Annotation von Resultaten mit bekanntem Wissen, Interpretation von Resultaten, Daten-Klassifizierung, multi-Omics-Analysen und Veröffentlichung von Resultaten (in Journalen oder öffentlichen Datenbanken).

Aktivitäten des Arbeitskreises

Moderierende Aktivitäten:

  • Übersicht über die Bioinformatik-Expertise der DGPF-Mitglieder (aktuelle Liste siehe unten, Ergänzungen und Korrekturen bitte an Diese E-Mail-Adresse ist vor Spambots geschützt! Zur Anzeige muss JavaScript eingeschaltet sein! )
  • Betreuen einer Mailingliste (siehe hier) für aktive Mitglieder des Arbeitskreises und Interessierte mit Ankündigungen für Trainings / Workshops / Schulungen, neue Tools (Publikationen und Links), neue Daten-Ressourcen / Datenbanken (Publikationen und Links), Vorschläge zu und Diskussion über: Was fehlt an Tools / Datenbanken? / „What‘s next?“

Inhaltliche Aktivitäten:

  • Aufbewahrung des Source-Codes von inaktiven Tools / Datenbanken / Daten-Ressourcen (z. B. nach Weggang von Doktoranden)
  • Ansprechpartner / Verteiler für wissenschaftliche Fragen zur Bioinformatik der Proteomik
  • Bioinformatik- und Statistik-Beratung zu Proteomik-Auswertungen
  • Finden von Kooperationspartnern für Projekte und Drittmittelanträge

 

Bioinformatik in der DGPF

(Stand: Juni 2016; sortiert nach DGPF-Mitgliedsnummer)

Name DGPF-Mitglied / Arbeitsgruppe / Institut Bioinfo-Expertise (Schwerpunktthema, Serviceaktivitäten, Tools) URL / Kontakt
Friedrich Lottspeich,
früher MPI f. Biochemie, Martinsried
Tools ICPLQuant, ICPL-ESIQuant ICPLQuant
Bernhard Küster,
Lehrstuhl für Proteomik und Bioanalytik, TU München
ProteomicsDB: human proteome DB; synthetic peptide and phosphopeptide reference library; PTM site localisation (Mascot Delta Score); MScDB: MS-centric Protein Sequence DB; Oscore: reliable detection of HexNAc-modified peptides; prediction of proteotypic peptides; multi-omics data integration (z.B. omicade4); integration of omics and phenotypic data; MatisseDB (comprehensive database of MALDI imaging protein identifcations); NCI-60 proteome resource Lehrstuhl für Proteomik und Bioanalytik
Michael Glocker,
Proteom-Zentrum Rostock
ProteoBase: in-house LIMS, EnsEMBL mirror Proteom-Zentrum Rostock
Rolf Apweiler,
EMBL-EBI, Cambridge,. UK
alle EBI-Datenressourcen, vorher: UniProt, automatische Annotation von Protein-Datenbanken, PRIDE; IntAct, Gene Ontology EMBL-EBI
Michael Hippler,
Inst. f. Biologie und Biotechnologie der Pflanzen, Münster
Tools zur Auswertung von massenspektrometrischen Daten (z. B. p3dgenomic peptide finder (gpf), ms2db, qtrace und proteomatic) IBBP
Hans Lehrach,
MPI f. Molekulare Genetik, Abteilung Analyse des Vertebratengenoms, Berlin
ConsensusPathDB (unter anderem protein-protein interactions) MPI_VG
Albert Sickmann,
Leibniz-Institut für Analytische Wissenschaften (ISAS), Dortmund
iTRAQ-Quantifizierung und FDR bei label-basierten Methoden (iQuARI), Tool jTraqX Tool PeptideShaker (Identifizierung, Quantifizierung, Qualitätskontrolle) ISAS
Martin Eisenacher,
Medizinisches Proteom-Center, Bochum
Tool-Sammlung für die Bioinformatik der Proteomik (z. B. cross-Omics-Vergleiche, Konvertierung in Standardformate, Protein-Inferenz, Vergleich von Protein-Ergebnislisten), PSI-Standard-Formate, PRIDE-Upload mit ProteomeXchange-Client MPC-Bioinfo
Andreas Römpp,
Justus Liebig Universität, Gießen
Standardformat imzML für bildgebende Massenspektrometrie (MALDI Imaging) JLU_Römpp
Oliver Kohlbacher,
Applied Bioinformatics, Tübingen
OpenMS (Open-Source-Software-Framework in C++ für Computational MS – inkl. Python-Bindings); TOPPTools – über 100 ausführbare, workflow-fähige Tools für Proteomik und Metabolomik (QC, Peptid-ID, SWATH, label-freie, SILAC-, iTRAQ-, TMT-Quant.); TOPPView – freier Viewer für MS-Daten; MetaProSIP – Tools für quant. Metaproteomik; EpiToolKit2 – Webbasierte Tools für MHC-zentrische Analysen (Immunopeptidom, personalisierte Proteome) mit Schwerpunkt epitopbasierte Impfstoffe; YLoc, MultiLoc2, SherLoc2 – webbasierte Vorhersagen für subzelluläre Lokalisierung von Proteinen; BiNA – Netzwerkvisualisierungstool mit Schnittstellen zu Standardformaten und parallele Visualisierung von Multi-Omics-Daten (Genom, Transkriptom, Proteom, Metabolom); RNPxl –Analyse von RNA-Protein-Cross-Linking-Daten; PSI-Standardformate Appl Bioinfo
Christian Fufezan,
Inst. f. Biologie und Biotechnologie der Pflanzen, Münster
Tools zur Auswertung von massenspektrometrischen Daten (z. B. pyGCluster, pymzML, pyQms und piqDB) Techniken basierend auf Python, mongoDB & Hadoop IBBP